Функционал FOBI был улучшен. Чувствительность камеры улучшена примерно в 3 раза, а источник возбуждающего света также примерно в 10 раз сильнее, чем раньше. Кроме того, FOBI 2 сводит к минимуму интерференцию флуоресцентных изображений за счет изменения местоположения источника света (угол освещения: от 67º до 45º). Также добавлена нагревательная кровать для защиты экспериментальных организмов от переохлаждения.